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Missions

L’impact des changements globaux en cours sur la biodiversité microbienne des sols est incertain en l’absence de données historiques. Le projet utilise les sols associés aux plantes cultivées placées en herbier au cours des 100-200 dernières années comme sources d’ADN anciens représentatifs de la diversité passée des microorganismes telluriques. Par une approche de paléogénomique, les ADN extraits de ces sols sont séquencés. Après validation de la nature ancienne de ces ADN, les séquences sont annotées pour révéler la diversité tant taxonomique que fonctionnelle des communautés qui est confrontée à la diversité actuelle révélée par une même approche à partir de sols modernes.
Pour le projet en cours nous disposons de 60 jeux de séquences d’ADN anciens issus de sols collectés depuis 1820 sur l’ensemble du territoire Français. Un jeu de données similaires est en cours d’obtention pour des sols agricoles actuels issus de parcelles localisées à proximité des lieux de récolte des échantillons historiques.

Activités

• Traitement bio-informatique des jeux de données de séquences issues de séquençage haut-débit, assemblage, extraction des séquences microbiennes, validation de la "nature ancienne" de celles-ci (principale)
• Annotations (affiliation) taxonomique et fonctionnelle de séquences anciennes et modernes (principale)
• Gestion des données obtenues, soumission à des bases de données (principale)
• Analyse de données quantitatives et statistiques avec le logiciel R (principale)
• Présentation des résultats à la communauté scientifique (poster et congrès en anglais) (principale)
• Valorisation des travaux sous forme de publication scientifique (principale)

Compétences

• Formation et connaissances en écologie microbienne et en interaction plantes-microorganismes.
• Connaissances et pratique de la paléogénomique/paléogénétique
• Compétences en bio-informatique dans un contexte de métagénomique
• Analyse des données quantitatives et statistiques avec R
• Anglais lu et parlé
• Capacité de communication et d’interaction avec les autres membres de l’équipe / laboratoire
• Présentation des résultats scientifiques (poster et congrès en anglais), synthèse bibliographique et participation à l’écriture de publications.
  

Contexte de travail

Le chercheur/ la chercheuse travaillera au sein de l’ISYEB UMR7205 au Muséum National d’Histoire Naturelle (Jardin des Plantes, Paris), en interaction avec l’UMR7209 AASPE du MNHN pour la manipulation des ADN anciens, le LCQB UMR7238 de Sorbonne Université pour l’annotation fonctionnelle des séquences et la plateforme de bio-informatique Migale (INRAE). Ce poste correspond à un projet financé par le programme Emergence de Sorbonne Université. Au sein de l’ISYEB, le projet est à l’interface entre deux équipes, l’équipe "Interactions et Evolution Végétale et Fongique" et l’équipe "Atelier de Bioinformatique" au sein de laquelle le chercheur sera localisé.